ダウンタウンの松本さんが言っていたという漫才の作り方を 高須光聖さんが「宮藤官九郎」とのインタビューで語っています。
非常に貴重で興味深いお話なので、以下引用します。

高須光聖の語るダウンタウンの漫才の作り方

以下のページより引用。
高須光聖 「宮藤官九郎」

高須 「だけど、ダウンタウンの漫才っていったら作り方があるよ」って。
明確に「作り方」があるって聞いて、最初はびっくりしたのよ。
宮藤 それは興味深いですね。
どうやって作るんでしょう？
高須 まずはオーソドックスなネタを考える、と。
例えば医者コントってテーマを決めたら、
オーソドックスな医者コントを、だーっと全部考える。
それだけでも充分おもしろいっていうネタにしておきつつ、
更に松本がやった作業って言うのは、 部分部分で、
どれだけ予想できる笑いを裏切るかって作業。
確かにこれでもおもしろいけど、
ここはこうやったらもっとおもしろい、
こうやったらもっと裏切ってる…そういうのを延々繰り返していって、
どれが一番ベストな裏切りかなぁってことを積み上げて、
ネタを磨き上げていくんだって。

僕もなるほどと思ってしまった。
ただ、普通の人にとって、オーソドックスな十分笑えるネタを考えるということができないことが多かったりするわけですけども。

宮藤 わぁ…これは興味深い話ですねぇ。
高須 でしょ？　俺も聴いたとき、なるほどなぁと思った。
漫才の好きな人達って、大体ネタの予測ができるやん？
「あー、こう来たら、こう来るな」って考えて、
「ほらやっぱりね」で笑う。
そして、もしもそれを上回る裏切りが来たら
「おもしろい、こいつら、やるなぁ」で笑う。
つまりはひとつひとつのネタについて、
予想をどれだけ、どの割合で裏切るかっていうのが、
ダウンタウンの漫才の作り方だった。
となると、設定してる客の基準が自ずと高くなるやん。
練れば練るほど、元々、漫才をよく見てるおっさんとか、
コアな人達の基準を裏切ることになるわけだから、
分かりづらくて、玄人向けの笑いになる。
宮藤 ですよね。

玄人向け、芸人向けの笑いっていうのは、笑いの取り方という常識があった上で笑えるというものがあったりしますけど、そっちはあまり素人ウケしない場合が多いのも事実ですね。だから、笑えるポイントを発見する能力が高い人は、変なところ(誰も笑っていないところ)で笑ったりすることがあるのですけど、周りから見るとゲラに見えるらしいですが、こういう理由で笑っていることがありますよね。

漫才、コントや、お笑いというものをずらすことで笑いを取るという方向もあると思います。

高須 だから、今更ながら言うのよ、松本。
「自分たちの漫才は女子高生とかにウケるはずじゃなかった」って。
もっと玄人が好いてくれる漫才になってるはずだったのが、
当時、女子高生が笑ってくれたってのは予想外やってんて。
宮藤 なるほどなぁ…。
昔『ごっつ』でやってた「妖怪人間」のトリオ漫才あったじゃないですか。
高須 あー、あったね。 ごっついベタな流れのヤツね。
宮藤 ああいうのって、僕らにしてみたら 一周回ってもうおもしろいんですよ。
高須 そうそう、あれもある意味、裏切ってるんよね。
あえてオーソドックスなネタをコテコテに演じることで、
ベタな漫才がなぜかシュールに見える。たしかに一種の裏切りだよね。
結局そういうのが好きっていうか、
ダウンタウンの生みだしたそういう仕組みが新しかったんだと思う。
そりゃ、新鮮だよね。
そんなところをとことんまで突き詰めて来た芸人なんて、
そうはいなかったわけだろうから。

一般的には、どうなんでしょうかね。
例えば、ミスターベーターって、その名前の通りベタな笑いをあえてやるっていうコントで、ベタベタなことをやるわけですけど、普通に面白い。多分、一般の視聴者ってそんな裏事情をわからずとも笑えたんじゃないかと思うのですけど。

ダウンタウンさんのすごいところって、高度なことをやっているんだけども、高度じゃない人にも笑えるってところがすごいんじゃないかと思わせる非常に興味深い文章でした。

ダウンタウンさんのネタの作り方

ダウンタウンさんのネタの作り方ってあまり情報がないような気がします。僕が知っているところだけ書きます。(もし他に知っている方がいましたら、コメントを頂ければ幸いです。)
ダウンタウンさんの漫才のネタを見ているとわかるのですが、基本セリフをかっちり決めてやっていません。(そのメリット・デメリットについてはまた別途書きます。)

今年のドリームマッチ ’09で松本さんが言っていたのですが、ネタを紙に書いたりしたことがないそうです。つまり、ある程度のテーマや笑いを取るための軸を決めてから、アドリブベースでネタを作っていると思われます。
で、その中で面白かったボケを残していって、その中でまた裏切りをすると…
ネタを紙に書いている人がやると煮詰まっ行き詰って何が笑えるのかわからなくなるっていうパターンになりそうな気がします。

一応ですが、プロの芸人を目指す人が、このネタの作り方を単純にマネするのは、非常に危険なので気をつけましょう。下手をすると事務所の人に怒られたりしますし、１分ネタとかは、これでやるのは多分不可能なので。

参考

ダウンタウン、松本人志の笑いの作り方については、こちらの記事も参考になります。
「ごっつ」から学ぶダウンタウンのネタの作り方

こちらの放送も企画会議の場面は、参考になるかも知れません。
第143回　松本人志スペシャル（2010年10月16日放送）| これまでの放送 | ＮＨＫ プロフェッショナル 仕事の流儀

#NHKオンデマンドで過去の放送を検索してみましたが、見つからない…